La Historia de la Empresa de Mercados Mayoristas S.A. (EMMSA) tiene inicio en el año 1980, a raíz de la liquidación de la Empresa Pública de Servicios Agropecuarios (EPSA), como una empresa de propiedad directa del Estado asignada al Ministerio de Agricultura, hasta que mediante Decreto Supremo N° 209-85-EF del 17 de mayo de 1985, sus acciones fueron transferidas en propiedad a Inversiones COFIDE S.A (ICSA). En diciembre de 1987 mediante contrato de compra – venta, ICSA transfiere la totalidad de las acciones de EMMSA a favor del Concejo Provincial de Lima.
 
De esta manera, bajo el Acuerdo Nº 023 del Consejo Provincial de Lima de fecha 26 de enero de 1989; EMMSA fue incorporada como una empresa municipal de derecho privado, organizada bajo la forma de sociedad anónima con autonomía económica y administrativa, y con acciones de propiedad directa de la Municipalidad de Lima Metropolitana. EMMSA se rige por su Estatuto Social, las disposiciones de carácter presupuestal emitidas por la Dirección Nacional de Presupuesto Público, y en forma supletoria por la Ley General de Sociedades N° 26887; asimismo, EMMSA está sujeta al control del Consejo Metropolitano, de acuerdo a lo dispuesto en la Ley N° 27972 – Ley Orgánica de Municipalidades y Ley Orgánica del Sistema Nacional de Control y de la Contraloría General de la República – Ley N° 27785.
 
Fue a partir del 23 de marzo del 2004, que la Empresa de Mercados Mayoristas S.A. (EMMSA) cambio su denominación por la deEmpresa Municipal de Mercados S.A. (EMMSA), ampliando de esta manera sus funciones.
En tal sentido, EMMSA tiene por objetivo dedicarse a la administración, control, supervisión y dirección de los mercados públicos, sean estos mayoristas o minoristas, existentes en la Provincia de Lima; promocionar y participar en la construcción de nuevos mercados con la finalidad que se garantice el abastecimiento de productos alimenticios en general para la ciudad de Lima; asimismo, la sociedad podrá normar los regímenes internos de administración de cada uno de estos mercados, conceder el uso de sus instalaciones y otorgar los contratos de concesión respectivos, fijar las obligaciones y derechos de los concesionarios, fijar el régimen compensatorio por tales concesiones y demás asuntos conexos y/o afines con los entes enunciados.
 
El domicilio legal de EMMSA, se encuentra en Av. De La Cultura S/N, distrito de Santa Anita - Lima, donde también se ubica su centro de operación  el Gran  Mercado Mayorista de Lima, siendo su propietario la Municipalidad Metropolitana de Lima.

 
EMMSA desde fines del 2008, por encargo de la Municipalidad Metropolitana de Lima, tiene a su cargo la ejecución del Proyecto Ampliación y Remodelación del Gran Mercado Mayorista de Lima ubicado en el Distrito de Santa Anita, con lo que se espera lograr dar solución al problema del abastecimiento, comercialización y distribución de productos agrícolas perecibles en Lima Metropolitana en beneficio de una población en constante crecimiento que impulsan cada vez a una mayor demanda de alimentos.

• Administrar los mercados a su cargo, pudiendo ejecutar y coordinar acciones en el entorno de influencia de los mismos.
• Proyectar, construir, administrar y actuar como ente supervisor de los nuevos mercados de la ciudad de Lima.
• Apoyar a través de sistemas de asesoría y/o consultoría la construcción de nuevos mercados en las principales ciudades del país.
• Normar el comercio mayorista de productos alimenticios en general en la provincia de Lima.